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Seaphages

宿主細(xì)菌

擁有800 多個(gè)已測(cè)序的分枝桿菌噬菌體，我們熱衷于擴(kuò)大我們的網(wǎng)絡(luò)，將在放線菌門內(nèi)其他宿主上分離的噬菌體包括在內(nèi)。這包括噬菌體，如節(jié)桿菌屬、戈登氏菌屬和紅球菌屬。

作為實(shí)現(xiàn)這一激動(dòng)人心目標(biāo)的手段，SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)將分3 個(gè)階段對(duì)新的放線菌宿主進(jìn)行試驗(yàn)，每個(gè)階段都將告知下一個(gè)最終目標(biāo)，即建立*佳實(shí)踐以協(xié)助整個(gè) SEA 的噬菌體工作。

SEA-PHAGES 教師可以自愿參與這項(xiàng)工作的任何或所有步驟。各階段描述如下。

單擊此處查看當(dāng)前處于 SEA-PHAGES 管道中的主機(jī)。

第一階段：識(shí)別

識(shí)別階段是將主機(jī)添加到我們的集合的第一步。此階段的目標(biāo)是確定宿主是否普遍適合課堂噬菌體環(huán)境。這一階段可能由匹茲堡大學(xué)的 Hatfull 實(shí)驗(yàn)室、HHMI SEA-phages 小組或 SEA-PHAGES 計(jì)劃內(nèi)的任何機(jī)構(gòu)進(jìn)行。

您可以通過(guò)選擇要處理的放線菌宿主并確定以下內(nèi)容來(lái)參與此階段：

生長(zhǎng)參數(shù)（培養(yǎng)基、溫度、孵育時(shí)間、菌落形態(tài)）

使用富集發(fā)現(xiàn)噬菌體的頻率

請(qǐng)注意，處于鑒定階段的宿主可能只是經(jīng)過(guò)初步測(cè)試（即菌落和草坪可以在固體培養(yǎng)基上生長(zhǎng)）。因此，這一階段的測(cè)試可能適合獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目。如果您有興趣選擇除試點(diǎn)之外的放線菌宿主，我們建議您使用符合以下標(biāo)準(zhǔn)的宿主。

是一種 BSL1 放線菌

具有與課堂時(shí)間表兼容的生長(zhǎng)條件

像草坪一樣容易生長(zhǎng)

可以分發(fā)給或可供 SEA-PHAGES 社區(qū)使用

第 2 階段：試點(diǎn)

當(dāng)宿主已經(jīng)充分表征并確定了獲得斑塊的基本指南時(shí)，它們可能會(huì)進(jìn)入試驗(yàn)階段。此階段的目標(biāo)是在許多不同的實(shí)施環(huán)境中測(cè)試主機(jī)，并收集有關(guān)在 SEA-PHAGES 教室中使用主機(jī)的大量數(shù)據(jù)。這一階段通常由 SEA-PHAGES 領(lǐng)導(dǎo)層協(xié)調(diào)，并涉及在同一學(xué)年在同一主機(jī)上工作的多個(gè)機(jī)構(gòu)。

如果您選擇參與試點(diǎn)階段，您將測(cè)試以下參數(shù)：

噬菌體感染（富集、斑塊形成/形態(tài)、緩沖液、滴度、儲(chǔ)存）

分子生物學(xué)（DNA 提取、限制性分析、測(cè)序、電子顯微鏡）

第 3 階段：驗(yàn)證

經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的主機(jī)現(xiàn)已準(zhǔn)備好在 SEA-PHAGES 教室中廣泛使用。基于試驗(yàn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)議可用于補(bǔ)充資源指南，協(xié)議發(fā)布在 PhagesDB 上。

主機(jī)選擇指南

新的 SEA-PHAGES 學(xué)院

我們強(qiáng)烈鼓勵(lì)所有新加入 SEA-PHAGES 計(jì)劃的教職員工在采用新宿主之前使用 SEA 團(tuán)隊(duì)為您選擇的細(xì)菌宿主成功實(shí)施一年的課程。成功的一年將需要通過(guò)向 GenBank 提交至少一個(gè)帶注釋的基因組來(lái)分離噬菌體。

目前的 SEA-PHAGES 教師

歡迎以前實(shí)施過(guò) SEA-PHAGES 計(jì)劃的教職員工參與開(kāi)發(fā)新宿主的所有階段。如果您決定測(cè)試新主機(jī)，請(qǐng)通過(guò) info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)發(fā)送電子郵件，并附上您選擇的主機(jī)和您打算如何實(shí)施試點(diǎn)的簡(jiǎn)要說(shuō)明（例如在實(shí)驗(yàn)室中或在教室）。

與新主機(jī)合作

當(dāng)您開(kāi)始使用新宿主時(shí)，我們建議您按照資源指南或 PhagesDB 提供的協(xié)議中描述的恥垢分枝桿菌mc 2 155 的說(shuō)明進(jìn)行操作，但有以下關(guān)鍵例外。

首先在 30°C 的 PYCa 培養(yǎng)基中培養(yǎng)新的放線菌。準(zhǔn)備 PYCa 媒體的協(xié)議可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟練使用新宿主，您就可以測(cè)試替代生長(zhǎng)培養(yǎng)基和溫度。

可以在 PhagesDB 上找到使用新主機(jī)的其他注意事項(xiàng)。

我們要求在新主機(jī)上工作的教職員工保持嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓P記，以便我們能夠快速有效地建立*佳實(shí)踐。與新主機(jī)合作的數(shù)據(jù)將使用 SEA-PHAGES 團(tuán)隊(duì)發(fā)送的在線數(shù)據(jù)收集表收集。您可以在此處查看數(shù)據(jù)收集表，以熟悉將被請(qǐng)求的信息類型。

SEA-PHAGES 宿主細(xì)菌的當(dāng)前管道

恥垢分枝桿菌 mc²155

已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會(huì)： 700084

協(xié)議

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 11861 個(gè)| 2109 已測(cè)序

球形節(jié)桿菌 B-2979

已驗(yàn)證

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 561個(gè)| 144 測(cè)序

節(jié)桿菌屬 空中交通管制委員會(huì) 21022

已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會(huì)： 21022

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 707個(gè)| 226 測(cè)序

灰色鏈霉菌 ATCC 10137

已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會(huì)： 10137

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 444個(gè)| 109 測(cè)序

Gordonia rubripertincta NRRL B-16540

已驗(yàn)證

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 254 個(gè)| 85個(gè)測(cè)序

Gordonia terrae 3612

已驗(yàn)證| 空中交通管制委員會(huì)： 25594

噬菌體：1917 年發(fā)現(xiàn)| 464 已排序

小葉微桿菌 NRRL B-24224

已驗(yàn)證

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3191個(gè)| 437 已排序

紅球菌 RIA 643

試點(diǎn)| 空中交通管制委員會(huì)： 15903

最初在 ATCC 上列為紅球菌。

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 95 個(gè)| 41個(gè)測(cè)序

鏈霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410

試點(diǎn)

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 45 個(gè)| 19 測(cè)序

短桿菌 NRRL B-14687

試點(diǎn)

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3 個(gè)| 1 個(gè)已排序

綠色發(fā)色鏈霉菌 DSM40736

鑒別

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 27個(gè)| 18個(gè)測(cè)序

葡萄球菌NCIB 9291

識(shí)別| 空中交通管制委員會(huì)： 10234

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 13 個(gè)| 8 測(cè)序

副氧化微桿菌 NWU1

鑒別

被內(nèi)布拉斯加衛(wèi)斯理大學(xué)隔離

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 212 個(gè)| 29 測(cè)序

at101 SEA 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin上海實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南京實(shí)驗(yàn)試劑 toxin武漢實(shí)驗(yàn)試劑

bt202 SEB 1mg toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin江蘇實(shí)驗(yàn)試劑toxin湖北實(shí)驗(yàn)試劑 toxin安徽實(shí)驗(yàn)試劑 toxin合肥實(shí)驗(yàn)試劑

dt303 SED 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南寧實(shí)驗(yàn)試劑toxin浙江實(shí)驗(yàn)試劑 toxin吉林實(shí)驗(yàn)試劑 toxin哈爾濱實(shí)驗(yàn)試劑

et404 SEE 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin天津?qū)嶒?yàn)試劑 toxin華北實(shí)驗(yàn)試劑 toxin廣州實(shí)驗(yàn)試劑

其他的這些是菌株

71-097L moltox天津?qū)嶒?yàn)試劑，moltox浙江實(shí)驗(yàn)試劑，moltox江西實(shí)驗(yàn)試劑，moltox福建實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑

71-098L moltox青海實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河北實(shí)驗(yàn)試劑，moltox山西實(shí)驗(yàn)試劑moltox陜西實(shí)驗(yàn)試劑

71-100L moltox黑龍江實(shí)驗(yàn)試劑，moltox吉林實(shí)驗(yàn)試劑moltox遼寧實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣西實(shí)驗(yàn)試劑

71-102L moltox云南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox海南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox貴州實(shí)驗(yàn)試劑，moltox湖北實(shí)驗(yàn)試劑，moltox湖南實(shí)驗(yàn)試劑

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