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    Nanoporetech牛津納米孔測(cè)序

    發(fā)布時(shí)間: 2022-09-15  點(diǎn)擊次數(shù): 809次

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    Nanoporetech

    牛津納米孔測(cè)序

    傳統(tǒng)的短讀技術(shù)

    全面的基因組表征

    長(zhǎng)測(cè)序讀數(shù)

    長(zhǎng)和超長(zhǎng)讀取(高達(dá) 4 Mb)可以解決復(fù)雜的基因組畸變

    在單一測(cè)序分析中準(zhǔn)確識(shí)別和定相單核苷酸變異、結(jié)構(gòu)變異和堿基修飾

    生成和比較高度準(zhǔn)確的基因組,并糾正現(xiàn)有的參考基因組

    有限的基因組表征

    短測(cè)序讀數(shù)通常不跨越重要類別的基因組畸變,例如大的結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)區(qū)域,而是依靠間接推斷和/或復(fù)雜的計(jì)算分析來檢測(cè)它們。傳統(tǒng)測(cè)序技術(shù)對(duì)擴(kuò)增的要求也會(huì)引入序列偏差并去除堿基修飾。結(jié)果,僅可以鑒定樣品中存在的一小部分基因組變異。

     

    靈活和按需

    按需排序

    適用于所有基因組和項(xiàng)目規(guī)模的可擴(kuò)展、經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的設(shè)備

    使用PromethION生成 TB 級(jí)數(shù)據(jù)— 同時(shí)或獨(dú)立使用多達(dá) 48 個(gè)大容量流通池,以滿足您的樣品可用性和實(shí)驗(yàn)室要求

    使用GridION以高通量對(duì)較小的基因組進(jìn)行測(cè)序或?qū)^大的基因組進(jìn)行低通測(cè)序

    發(fā)現(xiàn)納米孔測(cè)序的優(yōu)勢(shì)并使用MinION開展試點(diǎn)項(xiàng)目,僅需 1,000 美元,包括流動(dòng)槽和測(cè)序試劑

    在使用Flongle進(jìn)行大規(guī)模研究之前執(zhí)行樣品 QC ,流動(dòng)池每個(gè) 90 美元

    靈活性有限

    傳統(tǒng)的高通量臺(tái)式測(cè)序設(shè)備需要大量的基礎(chǔ)設(shè)施要求和費(fèi)用——將它們的使用限制在資源充足的集中位置。為了獲得最佳效率,通常需要進(jìn)行樣品批處理,這可能會(huì)導(dǎo)致周轉(zhuǎn)時(shí)間較長(zhǎng)。

     

    簡(jiǎn)化的工作流程

    易于自動(dòng)化的工作流程

    在短短 10 分鐘內(nèi)準(zhǔn)備好用于測(cè)序的DNA 樣本,包括多路復(fù)用

    適用于大規(guī)模群體基因組學(xué)項(xiàng)目的易于自動(dòng)化的樣品制備試劑盒和方案

    低 DNA 輸入要求

    使用模塊化PromethION和GridION在單個(gè)設(shè)備上同時(shí)運(yùn)行多項(xiàng)分析——全基因組、靶向和全長(zhǎng) RNA測(cè)序

    繁瑣的工作流程

    通常,冗長(zhǎng)的樣品制備要求和較長(zhǎng)的測(cè)序運(yùn)行時(shí)間會(huì)降低工作流程效率并增加周轉(zhuǎn)時(shí)間。

     

    實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)流

    快速訪問結(jié)果

    分析生成的數(shù)據(jù)以獲得即時(shí)洞察力

    使用自適應(yīng)采樣進(jìn)行實(shí)時(shí)靶向測(cè)序,增強(qiáng)特定基因組區(qū)域的覆蓋率

    當(dāng)產(chǎn)生足夠的數(shù)據(jù)時(shí)停止測(cè)序——清洗并重復(fù)使用流動(dòng)槽

    修復(fù)了批量數(shù)據(jù)交付的運(yùn)行時(shí)間

    獲得結(jié)果的時(shí)間增加并且無法識(shí)別工作流程錯(cuò)誤,直到為時(shí)已晚,加上處理大量批量序列數(shù)據(jù)的額外實(shí)際復(fù)雜性。

     

    皮書

    對(duì)大基因組的新見解

    了解各地的研究人員如何利用長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù)來支持跨許多不同物種生成高度準(zhǔn)確和連續(xù)的染色體級(jí)基因組組裝。由于能夠生成超過 4 Mb 的讀取長(zhǎng)度,納米孔測(cè)序讀取能夠*解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域,從而能夠識(shí)別以前隱藏的基因組變異——為進(jìn)化和疾病關(guān)聯(lián)提供新的見解。

     

    在我們的資源中心查找更多關(guān)于使用納米孔測(cè)序進(jìn)行大規(guī)模群體基因組學(xué)研究的出版物。

     

    群體基因組學(xué)資源

    群體基因組學(xué)皮書

    下載皮書

    PromethION 上的群體基因組學(xué)測(cè)序

    閱讀出版物

    案例分析

    結(jié)構(gòu)變異及其對(duì)表型、疾病和種群適應(yīng)的影響

    為了對(duì)中國(guó)人群進(jìn)行更全面的基因組表征,Wu等人。使用由高通量 PromethION 設(shè)備提供的長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù)對(duì) 405 個(gè)人進(jìn)行了大規(guī)模分析。該團(tuán)隊(duì)確定了 132,312 個(gè)結(jié)構(gòu)變體 (SV),其中 53% 是新的。此外,他們確定了新的 SV 與表型和疾病的關(guān)聯(lián),包括身高和貧血。

     

    '我們的研究的細(xì)節(jié)揭示了人類 SV 的復(fù)雜景觀,并為它們?cè)诒硇汀⒓膊『瓦M(jìn)化中的作用提供了新的見解'

     

    吳,Z。等人。bioRxiv 430378 (2021)。

    在我們的調(diào)查頁(yè)面中了解納米孔測(cè)序如何實(shí)現(xiàn)全面的變異檢測(cè)——從 SNV 和定相,到 SV 和堿基修飾。

     

    結(jié)構(gòu)變異

    查看所有應(yīng)用程序

    卡倫米加,UCSC,美國(guó)

    閱讀論文

    觀看視頻

    案例分析

    填補(bǔ)人類基因組的空白

    在人類基因組初稿宣布完成近 20 年后,仍有大片區(qū)域(高達(dá)基因組的 8%)難以使用傳統(tǒng)測(cè)序技術(shù)進(jìn)行分析。為了最終兌現(xiàn)人類基因組學(xué)和個(gè)性化醫(yī)療的承諾,研究人員和聯(lián)盟,例如端粒到端粒 (T2T) 聯(lián)盟,正在利用長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù)來完成人類基因組,跨越重要的、高度重復(fù)的區(qū)域,如著絲粒和端粒,加上大的結(jié)構(gòu)變體。迄今為止,T2T 聯(lián)盟已經(jīng)為人類 X 和 8 號(hào)染色體提供了完整、無間隙的組裝和新穎的功能見解——包括對(duì) DNA 甲基化和核苷酸序列的綜合分析。

     

    '完成整個(gè)人類基因組現(xiàn)在觸手可及'

     

    米加等人。自然 585(2020 年)。

    在我們的皮書中了解研究人員如何利用長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù)來發(fā)現(xiàn)以前隱藏的基因組變異并提供更連續(xù)的人類基因組。

     

    人類遺傳學(xué)皮書

    群體基因組學(xué)資源

    開始使用

    群體基因組學(xué)的可擴(kuò)展測(cè)序

    納米孔測(cè)序具有的可擴(kuò)展性——從便攜式 Flongle 和 MinION 設(shè)備(非常適合樣品 QC 和試點(diǎn)研究)到高通量臺(tái)式 GridION 和 PromethION 平臺(tái),它們提供快速且經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的高產(chǎn)量高質(zhì)量數(shù)據(jù)訪問大規(guī)模人口基因組學(xué)項(xiàng)目。

     

    比較產(chǎn)品

    群體基因組學(xué)的高測(cè)序產(chǎn)量

    推薦用于群體基因組學(xué)

     

    PromethION 48

    PromethION 48 將多達(dá) 48 個(gè)可獨(dú)立尋址的大容量流通池與強(qiáng)大的集成計(jì)算相結(jié)合,可提供靈活的按需訪問太堿基測(cè)序數(shù)據(jù)——非常適合大規(guī)模群體基因組學(xué)項(xiàng)目。

     

    Q20+ 化學(xué),單分子準(zhǔn)確度達(dá)到 99% 及更高

    用于 Q20+ 原始讀數(shù)準(zhǔn)確性的 Kit 14 化學(xué)試劑包括更新的測(cè)序酶和新的 R10.4.1 納米孔。這種化學(xué)方法為 SNP 和 INDEL 評(píng)分等測(cè)量的納米孔測(cè)序提供了*高精度,以及 5-甲基 C 的金標(biāo)準(zhǔn)性能。它是一種高精度、高輸出的化學(xué)品,能夠在三種運(yùn)行條件下運(yùn)行:

     

    準(zhǔn)確性

    默認(rèn)

    輸出

    通過操作軟件 MinKNOW 設(shè)置的每個(gè)運(yùn)行條件,使 DNA 以不同的易位速度通過孔,根據(jù)需要平衡更高準(zhǔn)確度或更高產(chǎn)量的要求 - 同時(shí)提供 Q20 或更高的單工讀數(shù)。所有條件都與雙鏈讀取兼容,來自 DNA 分子兩條鏈的數(shù)據(jù)結(jié)合在一起,單分子準(zhǔn)確度約為 Q30 或更高。雙工方法已經(jīng)展示了長(zhǎng)達(dá) 72 kb 的讀取,Q30 讀取長(zhǎng)度為 260 kb。

     

    Kit 14 化學(xué)簡(jiǎn)化了 Oxford Nanopore 提供的試劑盒,確保用戶在選擇如何回答他們的生物學(xué)問題時(shí)無需在最高輸出或最高準(zhǔn)確度之間做出上游選擇。

     

     

    具體應(yīng)用

    在推出 Kit 14 化學(xué)品的同時(shí),替代解決方案可以更好地服務(wù)于某些應(yīng)用。請(qǐng)點(diǎn)擊以下鏈接了解更多詳情

     

    RNA測(cè)序

    為簡(jiǎn)化 cDNA 制備或直接 RNA 測(cè)序而優(yōu)化,閱讀更多關(guān)于我們的 RNA 測(cè)序產(chǎn)品的信息。

     

    SARS-CoV-2測(cè)序

    支持 ARTIC 協(xié)議,Midnight 提供了一種簡(jiǎn)單、快速的 SARS-CoV-2 基因組測(cè)序方法,每個(gè)樣本的成本較低,了解開始對(duì) SARS-CoV-2 病毒進(jìn)行納米孔測(cè)序所需的知識(shí)。

     

    16S測(cè)序

    用于微生物 16S 測(cè)序和屬級(jí)細(xì)菌鑒定的多重試劑盒

     

    現(xiàn)場(chǎng)測(cè)序

    擺脫對(duì)冷鏈的依賴,帶著我們的凍干現(xiàn)場(chǎng)測(cè)序試劑盒離開實(shí)驗(yàn)室

     

    現(xiàn)在有空

    Oxford Nanopore Kit 14 化學(xué)試劑支持一系列樣品制備方法,隨著時(shí)間的推移,更多的試劑盒功能被推出:

     

    Ligation Sequencing Kit V14 (SQK-LSK114)和Ligation Sequencing Kit XL V14開放搶先體驗(yàn)

    快速化學(xué)和原生條形碼試劑盒 14 個(gè)選項(xiàng) - 即將推出

    超長(zhǎng)和擴(kuò)增套件選項(xiàng) - 即將于 2022 年推出

    了解有關(guān) Oxford Nanopore 產(chǎn)品發(fā)布階段的更多信息,包括早期訪問階段

     

     

     

    了解社區(qū)如何使用 Q20+

     

    Miten Jain:使用 R10.4.1 和 Kit 14 進(jìn)行人類基因組組裝和分析

    美國(guó)加利福尼亞大學(xué)圣克魯茲分校的 Miten Jain 團(tuán)隊(duì)一直在評(píng)估最近在讀取長(zhǎng)度、準(zhǔn)確性和軟件方面的改進(jìn),用于超快速、基于納米孔的全基因組測(cè)序分析。在此特別關(guān)注 Kit 14,Miten 展示了在本次演講前幾天生成的數(shù)據(jù),顯示在單個(gè) PromethION 流動(dòng)槽中生成了超過 140 Gb 的測(cè)序數(shù)據(jù)。與以前的化學(xué)相比,這種高輸出是通過更低的 DNA 和文庫(kù)輸入要求實(shí)現(xiàn)的。還強(qiáng)調(diào)了原始讀取準(zhǔn)確性的顯著提高,特別是在均聚物區(qū)域中,其中準(zhǔn)確調(diào)用了大約 20 個(gè)堿基的長(zhǎng)度。

     

    該團(tuán)隊(duì)目前正在使用新的納米孔化學(xué)和流動(dòng)細(xì)胞生成他們的第一個(gè)人類基因組組件;然而,使用剪切基因組 DNA 的初步結(jié)果達(dá)到了超過 20 Mb 的 NG50 分?jǐn)?shù)。他們還在評(píng)估雙鏈數(shù)據(jù)的使用,并開發(fā)進(jìn)一步的變體調(diào)用和甲基化分析工具。根據(jù)此處介紹的進(jìn)展,Miten 得出結(jié)論,“分階段的 Q40+ 精度從頭組裝可能是可以實(shí)現(xiàn)的”。

     

     

    Alexander Wittenberg:使用 Q20+ 化學(xué)方法提高作物基因組組裝的準(zhǔn)確性

    Alexander 是荷蘭 KeyGene 的長(zhǎng)期工作人員,介紹了他們?nèi)绾伍_發(fā)一個(gè)全面的計(jì)算工具集,以“的規(guī)模”執(zhí)行作物基因組分析,包括從頭組裝、變異檢測(cè)和數(shù)據(jù)可視化。KeyGene 的團(tuán)隊(duì)一直在評(píng)估 Q20+ 化學(xué)和 R10 納米孔對(duì)幾種植物物種的性能,以及利用植物訓(xùn)練的堿基識(shí)別模型的影響。后者的影響可以在他們的玉米全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中看到,觀察到原始讀取準(zhǔn)確度提高了 2.5%。前者出現(xiàn)在生菜的結(jié)果中,內(nèi)部 STL 組裝器顯示出好的組裝指標(biāo),還有甜瓜。他們利用甜瓜基因組進(jìn)行了僅雙鏈組裝,

     

     

    Mantas Sereika:Nanopore R10.4 可實(shí)現(xiàn)近乎的細(xì)菌基因組

    丹麥奧爾堡大學(xué)的 Mantas 在這里展示了關(guān)于微生物模擬群落樣本的 R10.4 Q20+ 納米孔序列數(shù)據(jù)。憑借 99.1% 的模態(tài)原始讀取準(zhǔn)確度,以及與 R9.4.1 數(shù)據(jù)相比改進(jìn)的均聚物調(diào)用,他認(rèn)為通過足夠的覆蓋率和一致拋光基因組中的所有均聚物應(yīng)該是可解析的。這種趨勢(shì)在復(fù)雜的宏基因組樣本中繼續(xù)存在,與 R9.4.1 相比,從厭氧消化污泥中提取的 DNA 顯示出改進(jìn)的均聚物調(diào)用 - 在 8 到 10 或更低的均聚物長(zhǎng)度之間,“宏基因組組裝基因組中的大多數(shù)均聚物似乎是正確調(diào)用'。最后,在他們的模擬社區(qū) R10.4 Q20+ 序列數(shù)據(jù)中對(duì) Duplex 讀取進(jìn)行評(píng)論,由于模態(tài)雙工讀取準(zhǔn)確度為 99.9% (Q30) 準(zhǔn)確度,繪制原始讀取準(zhǔn)確度“基本上破壞了我們的 R 腳本”。

     

    at101 SEA 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin上海實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南京實(shí)驗(yàn)試劑 toxin武漢實(shí)驗(yàn)試劑

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    其他的這些是菌株

    71-097L moltox天津?qū)嶒?yàn)試劑,moltox浙江實(shí)驗(yàn)試劑,moltox江西實(shí)驗(yàn)試劑,moltox福建實(shí)驗(yàn)試劑,moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑

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